El Calafate, al igual que las otras ciudades patagónicas, es dueña de un paisaje natural envidiable. Enmarcada por un verde intenso producto de la variada vegetación y poblada por únicas especies animales, es una auténtica reserva natural a orillas del Lago Argentino.
La rica fauna autóctona de esta ciudad está compuesta por ejemplares de aves, felinos, camélidos entre otras especies. Por la cercanía con el lago, se puede apreciar la presencia de numerosas avifaunas patagónicas como el Flamenco, de rosado plumaje. Su tamaño ronda el metro, se alimenta de insectos y moluscos acuáticos. Tiñen de rosa el celeste cielo de Calafate al emprender grande vuelos en bandada. Junto a esta especie se puede apreciar al Cisne Cuello Negro, desplazándose por el lago. Similar al flamenco en tamaño y hábitos alimenticios, es un ave de vuelos rapaces y a gran velocidad. Otro de los ejemplares más conocidos es el Cóndor, el ave más grande de América (aproximadamente 3 metros de envergadura). Este pájaro carroñero es habitante por excelencia de los andes, de las zonas montañosas. Por el tamaño de sus alas está siempre volando, actividad que es admirada por muchos turistas desde puntos panorámicos de avistaje. A veces suele confundirse al cóndor con otra ave de características parecidas pero de menor tamaño; el Águila Mora. Carroñera, suele realizar majestuosos vuelos por lo cuál se la puede confundir con la especie ya nombrada. Su diferencia, además del tamaño, es la forma de las alas (el águila posee alas triangulares). Otro ejemplar muy frecuente en esta zona es el Carancho, una pequeña especie de unos 60 centímetros, que amenaza a los productores ganadores ya que suele alimentarse de corderos pequeños, o de ovejas en estado delicado. Especies más pequeñas como el Carpintero Patagónico, también habitan las australes zonas de la Argentina. Fáciles de reconocer por su plumaje negro y su constante vuelo de árbol a árbol, el famoso carpintero “martilla” los troncos en busca de larvas para alimentarse. Además de las ya nombradas, la zona está poblada por otras especies como el Chingolo, Tero, Halconcito, Chimango, Chorlito Cordillerano.
El felino más conocido en la región patagónica es el Puma. De gran tamaño y peso (entre 50 y 80 kilos) este predador carnívoro acecha los campos de ovejas y corderos, aunque se alimenta también de zorros y guanacos. Habita en las zonas cercanas a la cordillera, aunque frecuenta otros sectores, principalmente de noche. Otra especie muy frecuente en el suelo de Calafate es el Zorro. En los alrededores de la ciudad se han identificado dos ejemplares de zorros; el gris y el colorado. Ambos de tamaño cercano al metro, se alimentan de insectos, aves, roedores, liebres, etc. Son presa fácil de los pumas, por lo que el número de ejemplares de zorros se ha reducido marcadamente. Otro habitante de la región cordillerana (desde el sur hasta el norte de la Argentina), es el Guanaco. Es un camélido similar a la llama, de gran tamaño y peso, perseguido por pumas y zorros. Esta especie se alimenta exclusivamente de vegetales y frutos de arbustos. De menor tamaño, convive con esta especie, la Liebre. De la familia del conejo, este pequeño animal (60 centímetros) se alimenta de hierbas y plantas. Su pelaje pardo le ayuda a camuflarse y así pasar desapercibida ante a aguda mirada de pumas y zorros. A pesar de ello está siendo víctima de la caza indiscriminada por parte de los seres humanos, lo que ha llevado a que el número de ejemplares en Calafate disminuya drásticamente. Algo similar ocurre con el Huemul, también blanco de la caza. Este animal de unos 80 centímetros, de alimentación herbívora, es presa además de especies como el puma o el zorro.
Calafate está rodeada de un paraíso natural poblado con las más bellas y exóticas especies animales.